Wieś została założona w czasach krzyżackich i podlegała obwodowi ziemskiemu w Sulminie. Po wojnie trzynastoletniej, gdy właścicielem dóbr krzyżackich stał się król polski, Pępowo, podobnie jak majątek w pobliskim Leźnie, stało się królewszczyzną, oddawaną w wieloletnie dzierżawy. Przez ponad 300 lat dzierżawcy Leźna zazwyczaj równocześnie gospodarowali także w Pępowie. Po rozbiorach klucz leźnieńskich dóbr został sprzedany. W 1832 Leźno, wraz z Pępowem, Czaplami koło Gdańska i Borczem, zakupiła rodzina Hoene. Przed 1870 rokiem, w miejscu starego dworu, syn pierwszego z pępowskich Hoenów wybudował niewielki dworek. Do końca XIX wieku całkowicie przebudowano i zmodernizowano też zabudowania folwarczne. Postawiono także parową gorzelnię. Po zakończeniu II wojny światowej ziemie majątku zostały rozparcelowane między chłopów i napływających osadników. Dawny dwór od 1961 roku służy mieszkańcom jako szkoła. Znajdujący się obok niego park jest rezerwatem przyrody. We wsi zachował się rodzinny cmentarz Hoenów, założony w II poł. XIXw., położony wśród pół w niewielkiej odległości od szosy Pępowo - Żukowo (na prywatnym terenie w pobliżu zabudowań gospodarskich). Pępowo, dzięki bliskości Żukowa, a także dogodnemu położeniu przy trasie z Gdańska do Przodkowa, intensywnie rozwija swoją zabudowę mieszkaniową. W ostatnich latach powstała tutaj Galeria Pępowo-Muzeum Volkswagena, które chętnie odwiedzają zarówno polscy, jak i zagraniczni goście.


















